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小阴茎检查
医生查体
评估阴茎疲软状态及牵拉状态下的准确长度，注意患者有无明显的身材矮小或肥胖、是否合并有多发皮肤色素痣、鱼鳞癣、隐睾、睾丸异位、并指（趾）、多指（趾）及其他畸形表现如小头、小耳畸形、眶距增宽、小嘴、腭裂等。
实验室检查
性腺激素检查
测定血液中各类性激素的水平是否正常，判断是否存在雄激素分泌不足。
人绒毛膜促性腺激素（HCG）刺激实验
判断鉴定睾丸功能，是否存在原发性睾丸功能低下。
促性腺激素释放激素刺激实验
鉴定脑垂体前叶功能是否存在异常，与下丘脑功能异常相鉴别。
脑垂体前叶筛查实验
测定脑垂体发育不良水平。
染色体核型检查
测定细胞中染色体是否存在数量上的异常，判断是否是由于性染色体数目异常引起阴茎短小。
影像学检查
下丘脑和垂体CT或磁共振成像（MRI）检查
检查脑部有无下丘脑和垂体畸形。
特殊检查
腹腔镜检查
主要用于对未触及睾丸患者的探查。
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