病毒性脑炎的诊断主要靠病史临床表现、脑脊液检查和病原学鉴定，在临床上应注意和下列疾病进行鉴别：

1、化脓性脑膜炎：经过不规则治疗的化脓性脑膜炎其脑脊液改变可以与病毒性脑炎相似，应结合病史、治疗经过、特别是病原学检查进行鉴别。

2、结核性脑膜炎：婴幼儿结核性脑膜炎可以急性起病，而且脑脊液细胞总数及分类与病毒性脑炎相似，有时容易混淆。但结核性脑膜炎脑脊液糖和氯化物均低，常可问到结核接触史，身体其他部位常有结核灶，再结合PPD试验和血沉等，可以鉴别。

3、真菌性脑膜炎：起病较慢，病程长，颅内压增高明显，头痛剧烈，脑脊液墨汁染色可确立诊断。

4、急性播散性脑脊髓膜炎：急性播散性脑脊髓炎，又称感染后脑脊髓炎或疫苗后脑脊髓炎，系指继发于急性感染性疾病或疫苗接种后，由细胞免疫介导为主的中枢神经系统急性炎症性脱髓鞘疾病。重症病毒性脑炎，或以精神症状为主要表现的病毒性脑炎需要与本病鉴别。脑脊液急性期和病毒性脑炎类似，部分脑脊液IgG指数增高，寡克隆抗体阳性。核磁扫描在急性期即可显示病变，是急性播散性脑脊髓膜炎诊断的重要手段，表现为脑白质多发性散在的非对称性长T2信号，可同时侵犯基底节、丘脑等灰质核团，以及脑干脊髓。

5、其他：如Reye综合征、中毒性脑病等亦需鉴别。